香港科技大学于2020年5月成立了"香港科技大学深港协同创新研究院（深圳福田）"，研究院依托深港协同创新实验室集群、蓝海湾孵化港、持续进修学院，汇聚港科大优势资源及发展经验，开展科研攻关、成果转化和人才培养，不断为国家经济、社会进步和科技创新输送技术、人才等力量。

深港协同创新实验室集群汇聚香港科技大学相关科学领域的中坚力量，覆盖信息科技、生物科技、金融科技三大板块，深耕基础研究，促进应用研发输出，其长远目标为建设国家级实验室，打造国家级科研团队。

蓝海湾孵化港是香港科技大学在深圳设立的专业孵化器，于2020年初获批国家级众创空间资质，通过汇聚深港两地的技术、产业、创投、科创政策等资源，致力于扶植科大双创团队，延续科大薪火。持续进修学院由香港科技大学工学院主导，提供高端在职非学位持续进修课程，并计划在人工智能、计算机科学与技术、数据科学、电子技术、智慧城市等领域开展短期培训课程，发挥科大对区域经济的影响力。